Traitement de Vidéos et Modélisation des Processus Dynamiques

Informations

Langue d'enseignement : Anglais
Crédits ECTS: 6

Programme

  • Heures d'enseignement dispensées à l'étudiant : 50 heures
  • Temps de travail personnel : 120 heures

Objectifs et compétences

Objectifs :
- Analyser et Quantifier divers paramètres à partir de vidéos scientifiques ou de données 3D provenant de microscopie optique et/ou électronique.

- Appréhender les contraintes inhérentes à chacun des types de données: Suivi d'objets, Alignements d'images, Reconstruction 3D par Tomographie.

- Les concepts et principes seront appliqués avec ImageJ.

- Pour répondre à l'utilisation croissante des modèles de simulation numérique en biologie, cet enseignement aborde les principaux aspects de la modélisation des systèmes dynamiques dans les sciences du vivant. A travers des exemples précis, il apporte aux étudiants une vision intégrative des différentes échelles de description de la molécule à l'organisme et de la population en interaction avec l'environnement. Il procure de surcroît des outils formels et les moyens informatiques ainsi que les méthodologies nécessaires à l'implémentation et à l'utilisation des modèles numériques. L'objectif principal de cette UE est donc de rendre l'étudiant autonome dans cette démarche mais aussi de lui apporter une expertise en informatique appliquée.

Compétences :
  • Travailler en réseau, utiliser les outils numériques de communication et de travail collaboratif.
  • Travailler en équipe dans différents contextes, y compris avec des personnes issues de disciplines différentes : s'intégrer, se positionner, collaborer, communiquer et rendre compte.
  • Etre capable de communiquer des résultats à l'écrit et à l'oral en français et en anglais

  • Développer une argumentation avec un esprit critique
  • Savoir mettre en œuvre une méthodologie: choisir la meilleure stratégie, construire un protocole analytique, identifier les sources d’erreur, analyser et interpréter les données.

  • Etablir une démarche expérimentale sur des organismes facilement manipulables
  • Valider un modèle par comparaison de ses prévisions aux résultats expérimentaux (apprécier les limites de validité d’un modèle, identifier les sources d’erreurs)
  • Comprendre les principes, bénéfices et limites de la modélisation informatique en biologie

  • Mettre en oeuvre une solution donnée dans divers paradigmes de programmation (e.g., impératif, fonctionnel, objet, logique)
  • Utiliser des outils et des environnements de développement d'applications logicielles et d'automatisation de tests
  • Se servir aisément de la compréhension de l’écrit et de l’oral en anglais
  • Savoir traiter l’information en anglais quelle que soit la nature du support (vidéo, audio, écrit, représentation graphique…)

Organisation pédagogique

le mode de fonctionnement de l'UE est présenté au début des enseignements

Contrôle des connaissances

Session 1:

Examen écrit, 1h30, Coeff. 0.6

Contrôle continu, Coeff. 0.4

Session 2:

Examen écrit ou oral suivant effectif, 1h30, Coeff. 1.0

Lectures recommandées

l'ensemble des références bibliographiques est communiqué au début des enseignements

Responsable de l'unité d'enseignement

Jean-Christophe Taveau

Enseignants

la composition de l'ensemble de l'équipe pédagogique est communiquée au début des enseignements