Nouvelles Générations de Sequençage

Informations

Langue d'enseignement : Français
Crédits ECTS: 3

Programme

  • Heures d'enseignement dispensées à l'étudiant : 50 heures
  • Temps de travail personnel : 120 heures

Objectifs et compétences

Objectifs :
Cette UE comporte deux grandes parties, la première sera commune à tous les étudiants et la seconde sera colorée en fonction des différents parcours du master bioinformatiques ou des specificités des étudiants venant d'autres mentions.

3 ECTS de cette UE comprendront deux volets très imbriqués pour fournir aux étudiants les fondements nécessaires à la production et exploitation de données NGS.

Acquérir les concepts et méthodologies de séquençage haut débit (Nouvelles générations de séquençage, NGS).

- Savoir intégrer l'impact des stratégies NGS dans la conception d'un projet scientifique avec l'objectif de pouvoir aborder des questions scientifiques très variées,

- Comprendre les technologies de production de données NGS (visite de la plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux),

Acquérir les méthodologies de traitement de données NGS.

- Savoir concevoir une analyse bioinformatique dans un environnement tel que Galaxy

- Maitriser les outils classiques de traitement des données NGS (allant de l'analyse qualité des lectures à leur exploitation)

3 ECTS de cette UE seront dédiées à des travaux sur projet accompagnés par un enseignant en interaction avec des équipes de recherche détentrices de données NGS à analyser.

Compétences :
  • Mettre en œuvre une démarche expérimentale scientifique permettant l'intégration dans une équipe de recherche et /ou développement.
  • Travailler en réseau, utiliser les outils numériques de communication et de travail collaboratif.
  • Travailler en équipe dans différents contextes, y compris avec des personnes issues de disciplines différentes : s'intégrer, se positionner, collaborer, communiquer et rendre compte.
  • Etre capable de communiquer des résultats à l'écrit et à l'oral en français et en anglais

  • Rédiger clairement et de préparer des supports de communication en utilisant diverses techniques (rapport, diaporama, note de synthèse, poster, article…), et les commenter pour un public, averti ou non, en français ou en anglais.
  • Maîtriser les outils de bureautique
  • Connaître le fonctionnement d'un laboratoire et les règles d'hygiène et sécurité
  • Lire et comprendre, dans sa globalité, un document scientifique et technique dans une langue étrangère
  • Développer une argumentation avec un esprit critique
  • Savoir mettre en œuvre une méthodologie: choisir la meilleure stratégie, construire un protocole analytique, identifier les sources d’erreur, analyser et interpréter les données.

  • Proposer et être capable de mettre en œuvre l’ensemble des outils de design expérimental, phénotypage, biotechnologies, séquençage haut-débit, marqueurs moléculaires, statistiques, bioinformatiques nécessaires à la mise en place de la sélection et à son analyse
  • Etablir une démarche expérimentale sur des organismes facilement manipulables
  • Utiliser des logiciels d’acquisition, de visualisation et d’analyse de données propres au domaine

  • Planifier, conduire et piloter un projet
  • Se servir aisément de la compréhension de l’écrit et de l’oral en anglais
  • Identifier et sélectionner diverses ressources spécialisées en anglais pour documenter un sujet

Organisation pédagogique

le mode de fonctionnement de l'UE est présenté au début des enseignements

Contrôle des connaissances

Session 1:

Examen écrit, 1h30, Coeff. 0.6

Contrôle continu, Coeff. 0.4

note éliminatoire à 8/20

Session 2:

Examen écrit ou oral selon effectif, 1h30, Coeff. 1.0

note éliminatoire à 8/20

Lectures recommandées

l'ensemble des références bibliographiques est communiqué au début des enseignements

Responsable de l'unité d'enseignement

Pascal Sirand-Pugnet

Enseignants

la composition de l'ensemble de l'équipe pédagogique est communiquée au début des enseignements